Le Conseil militaire de transition a lui démenti toute "dispersion par la force" du sit-in.
"Il n'y a plus rien à part les corps des martyrs que nous ne pouvons pas sortir", a de son côté avancé l'Alliance pour la liberté et le changement (ALC), fer de lance de la contestation.
En réaction, l'ALC a annoncé interrompre "tout contact politique" avec le Conseil militaire.Elle a appelé à "la grève et la désobéissance civile totale et indéfinie à compter d'aujourd'hui" pour "renverser le régime".
Dans son dernier bilan provisoire, le Comité central des médecins, proche de la contestation, a fait état d'"au moins 13 morts" et "plus de 116 blessés".
Le secrétaire général de l'ONU Antonio Guterres a condamné lundi l'usage excessif de la force par les autorités soudanaises et a appelé à une enquête indépendante.
Depuis le 6 avril, des milliers de manifestants campaient devant le siège de l'armée appelant les militaires à renverser le président Omar el-Béchir.Depuis que ce dernier a été écarté par l'armée le 11 avril, les manifestants exigent un pouvoir civil et le départ des généraux.
Les rues de Khartoum étaient calmes lundi après-midi.De nombreux magasins ont fermé.Des manifestants, peu nombreux, ont bloqué de nombreuses rues avec des barricades en pierres, troncs d'arbres et pneus enflammés.
- Paramilitaires -
Des paramilitaires des Forces de soutien rapide (RSF) ont été déployés en grand nombre le long des principales routes de Khartoum.Circulant en pick-up, lourdement armés, ils surveillaient les entrées des ponts sur le Nil.
A l'aube, des tirs provenant du lieu du sit-in ont été entendus par un journaliste de l'AFP, qui avait fait état d'un déploiement important des forces de sécurité dans les rues de la capitale.
"Une tentative du Conseil militaire de faire disperser le sit-in par la force est en cours", a alerté dans un communiqué l'Association des professionnels soudanais (SPA), acteur clé de l'ALC.
"Nous n'avons pas dispersé le sit-in par la force", a démenti le porte-parole du Conseil militaire, le général Chamseddine Kabbashi, à la chaîne de télévision Sky News Arabia.
Les forces armées et des RSF ont mené "une opération conjointe pour nettoyer certains sites" près du sit-in, a déclaré le Conseil militaire dans un communiqué publié en fin d'après-midi, pointant des "activités illégales" sur ces lieux.
Il a assuré que les RSF comme les forces régulières étaient "ralliées à la volonté de changement" des manifestants, appelant à la reprise des négociations.
Le Conseil militaire avait récemment dénoncé des débordements autour du sit-in, les qualifiant de "menace pour la sécurité", et promis d'agir "avec détermination".La SPA avait accusé samedi les militaires "de s'employer à disperser le sit-in pacifique".
Les relations entre les deux camps se sont tendues à la suite de l'échec le 20 mai des négociations, chaque partie souhaitant diriger la transition post-Béchir.
- Hôpital encerclé -
Selon le Comité central des médecins soudanais, les forces de l'ordre ont par ailleurs tiré à l'intérieur de l'hôpital Charq al Nil, près de Khartoum.
Juchés sur leurs pick-ups, plusieurs hommes en uniformes des RSF encerclaient aussi le Royal Care Hospital dans la capitale, où des dizaines de blessés étaient pris en charge dans le hall.
Le Comité des médecins a demandé le "soutien urgent" d'organisations internationales citant notamment la Croix-Rouge.
En réaction à la dispersion du sit-in, l'ALC a appelé dans un communiqué à des "marches pacifiques et des cortèges dans les quartiers, les villes, les villages".
Des manifestations ont eu lieu à Kassala, Gedaref, Port-Soudan (est), Sennar et Atbara (centre) où, selon des témoins, des manifestants bloquaient les rues avec des pneus enflammés, des pierres ou des troncs d'arbre.
A Port-Soudan, des manifestants scandaient des slogans pour "le renversement du Conseil" militaire, selon un habitant.
Dans un communiqué, Amnesty International a appelé la communauté internationale à "examiner toutes les formes de pression pacifique, y compris des sanctions ciblées" contre les autorités, les militaires étant "responsables de la violente attaque de ce matin contre des manifestants endormis".
Sur Twitter, l'ambassade américaine a exhorté les forces de sécurité à "cesser" les "attaques contre les manifestants et les civils".Le Conseil militaire en "porte la responsabilité", a-t-elle affirmé.
Londres a également affirmé que le Conseil militaire portait "l'entière responsabilité" de cette "action scandaleuse".
Washington a ensuite renchéri, condamnant la répression "brutale et coordonnée, menée par les RSF" et exhortant à la formation d'un gouvernement civil, condition pour l'établissement de meilleures relations entre les deux pays.
L'Union africaine et la France ont de leur côté condamné "les violences", sans accuser directement les militaires, appelant les généraux et la contestation à la reprise du dialogue.
L'Egypte, qui a reçu récemment le chef du Conseil militaire au pouvoir, Abdel Fattah al-Burhane, a appelé "au calme et à la retenue et au retour à la table des négociations".
Le général Burhane s'est également rendu récemment aux Emirats arabes unis et en Arabie saoudite, considérés comme des alliés majeurs.
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