Le ministère de la Santé "a démenti (...) que le nombre de morts lors des récents événements ait atteint 100, et assure que le chiffre n'a pas dépassé 46", a rapporté l'agence officielle Suna.
Selon le comité de médecins proche des manifestants, 108 personnes ont été tuées et plus de 500 blessées depuis lundi, date de la brutale dispersion d'un sit-in devant le siège de l'armée à Khartoum.
Le Soudan est secoué depuis décembre par un soulèvement populaire inédit qui a conduit au renversement par l'armée de l'ex-président Omar el-Béchir le 11 avril.
La mobilisation s'est toutefois poursuivie, les manifestants réclamant le transfert du pouvoir aux civils.
Les négociations entre la contestation et le Conseil militaire ont achoppé le 20 mai, chaque partie souhaitant prendre la tête de la transition prévue sur trois ans.
Lundi, le sit-in tenu depuis le 6 avril devant le siège de l'armée a été dispersé, le mouvement de contestation dénonçant "un massacre" perpétré par des "milices" du Conseil militaire.
Ce dernier a réfuté tout usage de la "force", évoquant une "opération de nettoyage" à proximité du rassemblement qui aurait mal tourné.
L'opération a été condamnée par le secrétaire général de l'ONU, les Etats-Unis et la Grande-Bretagne, notamment.
Les soutiens de l'armée, l'Arabie saoudite et les Emirats arabes unis en tête, n'ont pas dénoncé la répression mais appelé au dialogue entre les militaires et la contestation.
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